Pilonidal sinüste kanser gelişme riski oldukça düşüktür ancak çok uzun süre tedavisiz kalan hastalarda çok nadir olarak kanser gelişebilir. Kanser gelişen olgularda tekrarlayan infeksiyon atakları ve kronik irritasyona bağlı yassı hücreli (squamöz hücreli) kanser gelişebilir. Bu kanserin özelliği yanık ve nedbe dokusu üzerinde gelişen kanserlere benzer.